【理工學院】College of Science and Engineering

• 應用數學系（學士班、碩士班、統計碩士班、博士班）
• 物理學系（學士班、應用物理碩士班、應用物理博士班）
• 生命科學系（學士班、生物技術碩士班、生物技術博士班）
• 化學系（學士班、碩士班、博士班）
• 資訊工程學系（學士班、碩士班、碩專班、博士班）
• 材料科學與工程學系（學士班、碩士班、博士班）
• 電機工程學系（學士班、碩士班、博士班）
• 光電工程學系（學士班、碩士班）

【管理學院】College of Management

• 企業管理學系（學士班、碩士班、碩專班、博士班）
• 運籌管理研究所（碩士班）
• 國際企業學系（學士班、碩士班、碩專班）
• 會計學系（學士班、碩士班）
• 資訊管理學系（學士班、碩士班）
• 財務金融學系（學士班、碩士班）
• 觀光暨休閒遊憩學系（學士班、碩士班）
• 管理學院管理科學與財金國際學士學位學程
• 管理學院高階經營管理碩士在職專班

【人文社會科學學院】College of Humanities and Social Sciences

• 諮商與臨床心理學系（學士班、碩士班）
• 華文文學系（學士班、碩士班）
• 中國語文學系（學士班、碩士班、博士班）
• 英美語文學系（學士班、碩士班）
• 臺灣文化學系（學士班、碩士班、碩專班）
• 社會學系（學士班、碩士班）
• 公共行政學系（學士班、碩士班、碩專班）
• 法律學系（學士班、碩士班）
• 法律學系原住民專班
• 歷史學系（學士班、碩士班）
• 經濟學系（學士班、碩士班、博士班）
• 人文社會科學學院華語文教學國際博士班（僅招生境外生）
• 人文社會科學學院亞太區域研究博士班（僅招收境外生）

【花師教育學院】Hua-Shih College of Education

• 教育與潛能開發學系（學士班、教育碩士班、多元文化教育碩士班、科學教育碩士班、教育碩專班、教育博士班、多元文化教育博士班、科學教育博士班）
• 教育行政與管理學系（學士班、碩士班、碩專班）
• 特殊教育學系（學士班、身心障礙與輔助科技碩士班）
• 體育與運動科學系（學士班、碩士班、碩專班）
• 幼兒教育學系（學士班、碩士班、碩專班）

【原住民民族學院】College of Indigenous Studies

• 族群關係與文化學系（學士班、碩士班、碩專班、博士班）
• 民族語言與傳播學系（學士班）
• 民族事務與發展學系（學士班、碩士班、碩專班）
• 民族社會工作學士學位學程
• 原住民族樂舞與藝術學士學位學程

【藝術學院】College of The Arts

• 音樂學系（學士班、碩士班）
• 藝術與設計學系（學士班、碩士班）
• 藝術創意產業學系（學士班、碩士班、碩專班）

【環境學院】College of Environmental Studies　

• 自然資源與環境學系 （學士班、碩士班、博士班）
• 人文與環境碩士學位學程 （全英語授課）

【海洋科學學院】College of Marine Sciences

• 海洋生物研究所（碩士班、博士班）

【共同教育委員會】Committee for General Education　

• 大一不分系學士班